就如同检查纸币用紫外灯照射看荧光标记一样，荧光显微镜是在生物细胞研究中用来观察本身不能发光，但在短波照射下能发射出长波荧光的物质，如叶绿素等。或本身虽不能发荧光，但如果用荧光染料或荧光抗体染色后，经短波照射亦可发荧光的物质，荧光显微镜就是对这类物质进行定性和定量研究的工具之一。
荧光显微镜常用的短波如下：
紫外:激发片波长 330nm-400nm，发射片波长: 425nm。
紫:激发片波长395nm-415nm， 发射片波长:455nm。
蓝 : 激发片波长:420nm-485nm，发射片波长:515nm。
绿: 激发片波长:460nm-550nm， 发射片波长:590nm。
荧光显微镜作用：
1、因为荧光显微镜对被检测物质的细胞的刺激非常小的，所以可以检测活体的染色体；
2、可以进行多个步骤的染色检测。
3、对于荧光素的构造观察是非常好的，一般的显微镜是看不出来的。
4、对于一些物质是否有荧光，荧光是什么色调的进行判断，还能看出是不是抗体的荧光。
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