在显微镜下观察花类药材要根据药用部分的不同，将苞片、花萼、花冠、雄蕊和雌蕊等分别作表面制片，或将完整的花作表面制片观察。苞片、花萼的构造，与叶相似。花冠上表皮细胞外壁常呈乳头状或绒毛状突起，有的花冠有油室（如丁香），或管状分泌细胞（如红花）。花冠表皮的毛茸也是重要鉴别特征，如几种金银花可依据花冠的毛茸加以区别。雄蕊花粉囊内壁细胞壁常呈网状、条状或点状增厚，切多木化。花粉粒为花类药材的重要特征，应注意其形状、大小、萌发孔状况、外壁雕纹等（如红花的花粉粒外壁呈齿状突起、金银花花粉粒外壁表面有细密短刺及圆形的细颗粒状雕纹）。雌蕊柱头的表皮细胞特别是顶端的表皮细胞常呈乳头状突起，或分化为绒毛状（如西红花）。
花类药材粉末的观察，以花粉粒、花粉囊内壁细胞、非腺毛、腺毛为主要鉴别点，并注意草酸钙结晶、分泌组织及色素细胞等。
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